Макар Zonda R да е създаден на базата на Zonda F, двата автомобила ще имат само 10% общи части. Zonda R ще бъде по-мощна и бърза от F, колата която доскоро държеше първенството за най-бърза обиколка на пистата Нюрбургринг.
Динамичните качества на Pagani Zonda R ще отговарят на изключителния дизайн на колата. Макар реализирането на проекта да е още в ранните си стадии, вече се знае, че автомобилът ще бъде с двигателят V12 с обем 6.0 литра на Mercedes-Benz, който ще се монтира и на новото поколение SL65 AMG Black Series, като при Zonda R той ще бъде дори с още по-висока мощност – 750 к.с. и максимален въртящ момент 710Nm.