Второто поколение на Octavia се произвежда от 2004 година. Автомобилът има консервативен дизайн, но това очевидно му носи успех и защото е най-успешният модел на Skoda през последните години.
При тази модернизация външният вид на колата е станал определено по-привлекателен, като това важи особено за предната част на автомобила, където са и най-големите промени. Фаровете са придобили новата стилистика на Skoda и променят цялостната визия на колата. Външните огледала са по-големи и приличат на тези при Superb. В тях са интегрирани мигачите, както беше и досега, но новото са диодните светлини в тях.
Общо цялата осветителна техника в колата е променена. Халогенните фарове вече са стандарт, досега те се даваха без доплащане само при версии Scout и RS. Ксеноновите фарове вече са адаптиращи се при завой. Фаровете за мъгла са нови и като форма и като функции. Освен за осветление при мъгла, те вече имат и функцията за светене през деня.
Двете брони вече са боядисани изцяло в цвета на каросерията. Страничните защитни ленти са черни само при версия Classic.
Най-голямата промяна идва от новия двигател на групата VW 1.4 TSI с който вече ще се предлага и в Octavia. Този агрегат е малък, мощен и в същото време икономичен и досега липсваше при Octavia. С работен обем 1390 cm3, с нова турбина този двигател става основен за моделите от ниската средна класа на групата VW.
С него Octavia има среден разход от 6.6 литра на 100 км. Ако обаче изберете комбинация с другата новина при модернизираната Skoda Octavia – скоростната кутия със седем степени DSG, разходът пада още – 6.3 литра на 100 км. Максималната скорост на Octavia с новия двигател е 203 км/час, ускорението от място до 100 км/час е за 9.7 секунди.